2012年，《同济大学学报（自然科学版）》取得了优异的成绩，尤其是在学术影响力方面有了进一步的提高与扩大，荣获“2012中国最具国际影响力学术期刊”称号；荣获“百种中国杰出学术期刊”称号；荣获“第四届中国高校精品科技期刊”称号，荣获“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖。
      2012年12月，中国科技信息研究所在京发布了2012年中国科技期刊引证报告，报告显示：在我国71种理工科大学自然科学学报中，同济自然版学报学术影响力综合评价指标为70.2，首次超过《清华大学学报（自然科学版）》，排名第1位，较上年提高1位；在我国1998种科技类核心期刊中，排名第105位，较上年提高25位。该机构同时发布了2012年度“百种中国杰出学术期刊”评选结果，该评选采用我国期刊引证数据从中国近5000种科技期刊中评选出100种杰出学术期刊，同济自然版学报连续三年入选。
      2012年12月，中国科学文献计量评价研究中心在京发布了2012年中国学术期刊引证报告，报告显示：同济自然版学报被引频次7127次，影响因子1.019，在我国437种综合类科技期刊中排名第11位，较上年提高9位；在我国152种土木建筑工程专业期刊中排名第15位，较上年提高2位；在我国137种交通运输工程专业期刊中排名第7位，较上年提高1位。该机构同时发布了首次开展的“2012中国最具国际影响力学术期刊”评选结果，该评选采用被国外期刊引证数据（国际他引频次、国际他引影响因子）从中国出版的3533种学术期刊中评选出175种“2012中国最具国际影响力学术期刊”，《同济大学学报（自然科学版）》名列其中，排名第100位。
      2012年11月，教育部科技司公布了“第四届中国高校精品科技期刊”评选结果，同济自然学报第四次入选；2012年11月，教育部科技发展中心公布了“中国科技论文在线优秀期刊”评选结果，同济自然学报荣获一等奖。