1917年，同济大学结束了由德国人管理的历史，华人董事会开始管理校政，虽然属于私立大学之列，但从那时起，学校的运转便在很大程度上依靠着国民政府的拨款。随后的战争严重影响了经济的发展，国库停止了拨款，学校经费紧缺，只得通过暂欠教职员薪金的办法维持，经济上已是极度困难。到1927年6月学校欠发教职员薪金及维持费借款等共26万余元，而学校产业除德人捐赠的机器、仪器外约有30万元。摆在面前的只有两条路：要么政府来接管同济的全部产业并委任新长，将同济划归“国有”；要么校董会只得变卖校产以偿还债务，同济大学也就此消失。
   
    同济大学成为国立大学本是实至名归。从1907年创建始，二十年来无论是师资力量还是管理水平在国内都属上乘。事实上，自从1917年以后，同济大学的经费不足部分由中央政府和江苏省政府拨款补贴，已与国立大学本质上没有大的差别。1919年4月28日，学校校董会还向教育部提出“请改私立同济医工专门学校为国立”的要求。可是政局动荡，政府根本没有心思处理此事。在同济又一次面临生存危机关头，蔡元培先生站了出来，极力支持同济“国立”。
   
    蔡先生对同济大学的器重，可以从他为同济大学校庆二十周年纪念册所写的序言中找到。他讲道:“我国医术与工艺之应用，既数千年，积久经验，自有独到之处。然不得最新之科学以为基础，则进步殊缓，与并世各国相较，自愧不如。美、日之高等教育，均受德国影响，而日本尤甚。医、工两科，则德国之教学法，尤全世界所推许也……同济学校，发端于德人所设之医学校及其所扩张之医、工大学校……此二十年中，科目之增置，程度之提高，校舍之迁移，设备之更迭，不知经几多次之挫折，而卒能维持，以迄于今。兹且就学业上观察之，无退化而有进步，非由当局之恒心与毅力，何以至此。”
   
    蔡先生曾两次去德国留学，对德国的教育很是推崇。而同济恰恰带有德国传统的教育特色，医工兼备，对于刚刚起步的中国高等教育来说，可称得上是极好的范本。同济办学几经波折，但教职员和学生却百折不挠，其精神是值得称道的。
   
    在蔡元培先生及社会各界的支持下，1927年8月，国民政府正式命名同济大学为“国立同济大学”，并任命张仲苏为校长。成为“国立”后的那个秋天，同济大学在第一次招生中，便有了两个很显著的改变：一是学费减半。之前，同济的学费在国内各公、私学校里几乎算是最高的，很多品学兼优但是家境贫寒的学生对同济虽心生向往，却无力负担，高昂的学费一直是同济学生规模增长不快的主要原因之一。二是打破了性别限制，第一次招收了两名女学生，数目虽少，却是历史性的开端。
   
    每年的5月20日是同济大学的的校庆日。